1987年

1.夏天，門諾醫院急診室一位未滿十六歲的少女被送來，她因為長期感染性病併發骨盆腔炎，導致敗血休克，經過醫師全力救治才搶回少女的性命。更令人震驚的是這個女孩在八歲的時候，就被拐賣到台北娼館接客，過著暗無天日、悲慘的生活。
於是，幾位來自教會以及熱心公益的婦女，自掏腰包成立「善牧協會」，常常不顧自身的安危，走訪許多部落、社區，只要知道有誰家的女孩可能被賣，在沒有任何公權力的保護之下，她們甘冒危險去搶救，把她們帶到安全的地方，照顧並保護她們。
「善牧」一詞是源自於聖經，意思是好牧人。當年那群充滿愛心的婦女就是依循好牧人的精神，像照顧受傷的小羊一般，細心呵護被救回來的不幸少女。

2.年底「花蓮善牧協會」成立。

1990年

「花蓮善牧協會」更名為「花蓮善牧中心」。

1991年

「花蓮善牧中心」正式納入財團法人台灣基督教門諾會聯會運作。

1992年

向台灣基督長老教會美南差會租得宣教士宿舍，作為辦公室，同時收容不幸少女，收容場所命名為「善牧園」。

1993年

1.前執行長吳方芳女士在辦公室門口被人毆打成傷，成為當時震撼人心的社會事件，善牧的工作才逐漸引起大眾的關懷。於是，一批批的志工開始參與社區夜間輔導的工作，一方面加強孩童的課業，一方面默默的守護著他們。

2.「善牧園」更名為「希望園」。

3.社區教育部門成立，開始實施原住民社區青少年夜間課業輔導。

1994年

1.「花蓮善牧中心」正式向內政部申請立案，成立「財團法人台灣基督教門諾會附設花蓮縣私立善牧中心」。

2.善牧協會正式向內政部立案，成立「財團法人台灣基督教門諾會花蓮縣私立善牧中心」。

3.希望園遷至自購公寓，使收容之少女能安置在安全、隱密的獨立宿舍。

1995年

1.社區部門正式開辦「蓮花方案」，於暑假期間進行原住民社區兒童、青少年的營隊活動。

2.與金車教育基金會合辦「用愛點亮後山希望」系列活動。

1996年

開設「茉莉家園」，安置受暴婦女及特殊個案。

1997年

推動兒童自我保護方案。

1998年

1.爭取「中途學校」之設立。

2.獲選第二屆促進原住民社會發展有功團體。

1999年

1.「九二一大地震」後，針對南投災區，發動大規模的賑災活動。

2.榮獲台灣省績優兒童少年福利團體。

2000年

1.與縣政府洽談進駐花蓮縣社會福利館事宜。

2001年

1.3月辦公室遷入現址（花蓮市文苑路12號6樓），繼續推動原有事工。

2.桃芝颱風過境，針對光復鄉大興村災區，展開各項救災事宜。

3.10月於舊辦公室（美南差會宣教士宿舍）成立「飛炫屋」青少年活動中心。

2002年

1.中心榮獲教育部頒發「九十年度青少年輔導計畫績優學校暨有功人員」獎。

2003年

1.正式成立「未婚媽媽中途之家」，推動尊重生命各項宣導事宜。

2.中途之家辦理「外籍新娘」關懷外展服務。

3.7月「飛炫屋」青少年活動中心搬遷至現址：花蓮市中美路61號。

2005年

1.正名未婚懷孕安置所為「愛麗絲家園」。成立三棧、東昌、博愛新村、崙山等「社區飛炫屋」。

2006年

1.聯合東森慈善基金會、東森文化基金會於砂卡礑社區啟動【守望原鄉‧希望部落】– 打造部落學習教室實施計畫。 針對安置的少女，執行『活力創意大拼盤』計畫，鼓舞正向學習態度。內政部評鑑為優良機構。

2007年

1.聯合民間企業進行公益募款，啟動「公益夥伴」專案。針對現階段安置個案，或曾經接受花蓮善牧中心安置輔導等相關個案，執行「原樂徽音」計畫，進行音樂性團體之建置。執行長陳在惠牧師因善牧事工榮獲第六屆金舵獎。

2008年

1.聯合社團法人台灣婦女團體全國聯合會爭取「公益彩卷回饋金」，啟動「單親家庭服務 網絡計畫」，擴充單親業務服務效能。針對現階段安置個案，執行『打造心生活』計畫，進行攝影訓練，辦理大自然體驗及鐵道自助旅行，累積個案獨立能力，培養生活知能和反應，最終透過影像日記呈現個案成長記錄。榮獲內政部「97年度全國推動家庭暴力、性侵害及性騷擾防治工作有功人士及團體」。

2009年

1.聯合法人團體、民間企業、部落產業，建構行銷平台，擴大「公益夥伴」專案，形成多元化效益。針對莫拉克颱風（八八風災）重創台東太麻里，啟動「台東太麻里復原救助計畫」，結合民間企業資源，聘募部落待、失業人力，投入救災復原工作，並於壢丘成立部落教室，提供青少兒飲食課輔等服務。執行「安置家園服務學習」之行動計畫：以「服務學習」觀念與方法，導入個案安置輔導模式， 以【灌溉】－個人與組織培力、【滋潤】－服務機制建置、【光合作用】－服務學習實務三大策略與細項方法，逐步導引個案朝向多元學習與發展，同時催化個案正向與回饋的連續性感受。

2010年

執行長陳在惠牧師因健康因素，申請提前退休，機構內部進行業務調整。以系列性體驗活動，為安置少女辦理「轉˙青春˙大人」畢業成年禮，並由在園少女共同參與見證過程。

2011年

朱玉貴女士接任執行長職務。籌措興建綜合型之複合機能的少女安置居所-「棕樹學園」。

2012年

棕樹學園動土感恩禮拜。

2014年

台北烘焙理事長與棕樹學園前屋主捐贈頂級烘焙設備，成為安置少女們自立方案的好選擇。社區外展部暑期青少兒單車環島計畫。

2015年

10月棕樹學園棕樹學園啟用。2015年9月通過勞動部_人才發展品質系統(TTQS) 訓練機構版。2011~2015 連續五年榮收獲台灣婦女團體全國聯合會-單親家庭服務網絡經營貢獻優等獎 。

2016年

持續三年執行「全聯愛心福利卡方案」讓100多個家庭到全聯超市每月兌換千元價值物質。「崩壞杯」攀岩比賽。

2017年

安置少女13人完成「蔬食愛地球、和平分享愛、單車環島騎蹟」657公里完騎體驗。「善牧三十再攀高峰」成立30週年系列活動。

2018年

1.接受衛福部委辦「中長期受暴婦女安置服務」，協助弱勢婦女就業，改善生活品質。

2.承辦花蓮縣「名人激勵講座」，透過名人分享奮鬥的心路歷程、面對人生困境時應有的態度，以及運用正向思維面對困難。今年分別邀請朱德剛老師與盧克文理事長，獲得非常熱烈的迴響。

2019年

1.辦理勞動部勞動力發展署多元就業開發方案-飛炫傳愛布品暨烘焙工坊計畫，培力弱勢婦女就業機會。

2.承辦中央家庭暴力被害人中長期庇護家園計畫。

2020年

推動「活力希望」青少年增能培力服務，服務境內身障機構、長者部落社區服務。

2021年

辦理「SECOND HOME -新住民家庭兒童青少年服務計畫」，提供需要夜間照顧家庭的課後協助。

2023年

1.榮獲勞動部「2023促進中高齡者及高齡者就業暨世代合作績優單位獎」。

2.辦理勞動部勞動力發展署培力就業計畫「特境婦女阿米什拼布暨手作印象館計畫」，創造更多婦女就業的機會。

3.中心於晨星會館1、2樓拓展婦女培力新據點「房角石創意料理」及「阿米什拼布印象館」。